Ordem de leitura

The 39 clues foi dividida em 4 fases. Aqui está a ordem de leitura de cada série!
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Fase 1

O labirinto dos ossos, Uma nota errada, O ladrão de espadas, Além do túmulo, O círculo negro
Nas profundezas, O ninho de cobras, O código do imperador, Alerta de tempestade, O último desafio,
A ascensão dos Vesper e o Livro negro da família Cahill.

A fase 1 conta a história dos irmãos Amy e Dan Cahill, e sua au pair Nellie Gomez, na busca pelas 39 pistas.

Tudo começa quando Amy e Dan vão para o funeral de sua avó por parte de mãe, Grace Cahill. Amy e Dan são órfãos, e vivem com sua tia Berenice. No enterro, alguns dos parentes de Grace são chamados para a leitura do testamento. O advogado de Grace, Willian McIntyre, mostra um vídeo de Grace. Daí, eles tem de escolher em 1 milhão de dólares, ou a primeira de 39 pistas para o mair tesouro da humanidade. Amy e Dan escolhem a busca pelas pistas, e junto com eles, escolheram essa opção:

Ian & Natalie Kabra
Família Holt: Eisenhower, Mary-Todd, Hamilton, Madison e Reagan Holt.
Alistair Oh
Ned, Ted e Sinead Starling
Irina Spasky
Jonah e Broderick Wizard.

Livros:
1- O labirinto dos ossos - Rick Riordan
2-Uma nota errada - Gordon Korman
3- O ladrão de espadas - Peter Lerangis
4- Além do túmulo - Jude Watson
5- O círculo negro - Patrick Carman
6- Nas profundezas - Jude Watson
7- O ninho de cobras - Peter Lerangis
8- O código do imperador - Gordon Korman
9- Alerta de tempestade - Linda Sue Park
10- O último desafio - Margaret Peterson Haddix
11- A ascensão dos Vesper
11- O livro negro da família Cahill

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Fase 2

Na segunda série de The 39 Clues -  Cahills vs Vespers, Amy e Dan precisam resgatar 7 Cahills (Reagan Holt, Natalie Kabra, Ted Starling, Phoenix Wizard, Alistair Oh, Fiske Cahill e Nellie Gomez) que foram capturados pelos Vaspers, uma organização secreta que estava escondida durante a caçada, e  proteger o anel de  Gideon, um artefato que pode colocar o fim nos Vaspers.

A conspiração Medusa, Um resgate impossível, Na calada da noite, A toda prova, Não confiem em ninguém, O fim do mundo, Legado, Estopim, Caçados, Arrasados, Turbulência, Invasão, Fogos de artifício, Operação Trindade, O trbalho submarino, A perseguição do casco vermelho,

Livro de Introdução:
A ascensão dos Vesper

Livros:
A conspiração Medusa - Gordon Korman 
Um resgate impossível - Jude Watson
Na calada da noite - Peter Lerangis
A toda prova - Roland Smith
Não confiem em ninguém - Linda Sue Park 
O fim do mundo - David Baldacci


Séries adicionais.

Jogo rápido

É uma edição especial de 7 livros, escrita por Clifford Riley, que contam uma outra visão dos fatos pelos personagens e histórias ocorridas na "transição" de uma serie para a outra. Disponível somente em versão E-book.

Livros

Legado
Estopim
Caçados
Arrasados
Turbulência
Invasão
Fogos de artifício 
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Cahill Files

Os arquivos mais cruciais dos Cahills serão revelados, numa pequena trama de 5 livros saberemos dos maiores e perigosos feitos da família Cahill, escrita por Clifford Riley. Os volumes 2, 3, 4 e 5 só estão disponíveis na versão de E-book

Livros
Operação Trindade
O trabalho submarino
A perseguição do casaco vermelho
A escapada de Houdini
Noite silenciosa
Mestres da espionagem -( Contém 3 histórias do Cahill Files, O trabalho submarino, A escapada de Houdini e A perseguição do casaco vermelho.)

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Fase 3

É uma nova parte da série The 39 Clues. Segundo uma reportagem da Publishers Weekly,e em uma publicação no Message Board do site americano, a autora Jude Watson apresentou a Scholastic um projeto para continuar com a história dos dois irmãos por que muitos leitores da série queriam uma continuação da série. O lançamento dessa série aconteceu no outono de 2013 nos Estados Unidos, não há data prevista para lançamento no Brasil.

Livros

Nenhum lugar para correr - Jude Watson
Raptura - Jeff Hirsch
Contagem regressiva - Natalie Standiford
Ponto crítico - Gordon Korman

Livros adicionais:
Passeio a meia-noite
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Fase 4

A editora Scholastic apresentou no evento Worlds Collide a nova e última temporada de The 39 Clues, DoubleCross. Numa nova trama os irmãos Cahill terão que combater The Outcast, um misterioso homem que tentará recriar os piores desastres da história.

Livros:

Missão Titanic - Jude Watson
Missão Hindenburg - C. ALexander London
Missão Furacão - Jenny Goebel
Missão Atômica - Sarwat Chadda

Livros adicionais:
Superspecial: Outbreak